Иван Стойков е роден на 7 февруари 1868 година в село Гайтаниново, Неврокопско през 1866 година. Баща му Велик Стойков участва и загива на Шипка в Българското опълчение по време на Руско-турската война. Брат е на апелативния съдия на цяла Южна България Георги Стойков и на офицера и революционер Димитър Стойков. Ръководителят на ВМОК Борис Сарафов му е братовчед. Една година след смъртта на баща му умира и майка им Мария Стойкова. Вуйчо му Петър Сарафов взема и отглежда четирите деца на сестра си.
През 1880 година Иван Стойков напуска родното си село. Участва като доброволец в Сръбско-българската война в 1885 година.
През 1887 година завършва Военното училище в София, на 7 ноември е произведен подпоручик и е зачислен в Лейбгвардейския ескадрон. Командва ескадрон на 4 конен полк в Ямбол, след това е старши адютант във 2 конна бригада. На 7 ноември 1890 година е произведен в поручик, а от 1891 година служи в княжеската гвардия.
В 1894 година завършва Генералщабна академия в Торино, Италия, служи като началник-щаб на Кавалерийската инспекция. В 1895 година е произведен в ротмистър. В 1897 година напуска гвардията и служи във Втора кавалерийска дивизия. От 1900 година е главен адютант на дивизията. През 1901 година е произведен в майор, през 1905 година в подполковник и на 18 май 1909 година в чин полковник.
През Балканската война полковник Стойков е началник-щаб на 9 пехотна плевенска дивизия.
След сключеното примирие през 1913 година става началник на Военната академия в София. Там изработва първите учебни планове и иструкции и методика за преподаване.
През Първата световна война първоначално командва на 1 конна бригада, с която воюва при Трън и Прищина в Южна Сърбия, след което от 30 ноември 1915 година е командир на Първа конна дивизия, която в края на годината освобождава Охрид, а от 5 май 1916 командва новосформираната 2 конна дивизия. На 30 май 1917 година е произведен в генерал-майор и става началник на 9 дивизионна област. Към края е началник на Главната ревизионна комисия (1918). През 1918 година минава в запаса.
Генерал-майор Иван Стойков загива при атентата в църквата „Света Неделя“ на 16 април 1925 година.
