Йованче Попантов е роден на 4 януари в семейството на ваташкия свещеник Андон Попкамчев през 1882 година. По-малък брат е на Христо и Тодор Попантов. Завършва четвърто отделение в родното си село, след което учи в българската прогимназия в Прилеп. В Прилеп, където по това време учителства брат му Тодор, се включва в македоно-одринското освободително движение и се запознава с Дамян Груев. По-късно учи в българското педагогическо училище в Скопие.
След завършването на Скопското училище българска църковна община в Кавадарци го назначава за учител в града.
В края на 1901 и началото на 1902 година Попантов е на лечение в София, но на връщане е арестуван и задържан в продължение на три дни от сръбските власти на гара Враня заради изразеното му българско самосъзнание.
По време на Кадиноселската афера е арестуван и от април до март 1903 година лежи в Битолския затвор. През лятото на 1903 година Попантов участва в организирането на нелегална работилница в училището във Ваташа за изработване на облекло за четите на ВМОРО. Същевременно е и куриер на ВМОРО, като се включва и в някои въоръжени акции.
От септември 1903 до ноември 1904 година Попантов е учител във Ваташа. Като районен ръководител на ВМОРО за ваташкия район, той спомага за укрепването на организацията в Тиквешията.
Брат му, Христо Попантов го описва по следния начин:
„ …имаше буен характер, не приличаше на останалите трима братя. Говорът му беше силен и налагащ се. Беше голям идеалист и пламенен патриот. Нашето спасение е – казваше, само в автономна Македония. “
През ноември 1904 година Попантов напуска учителстването си и заедно с Дончо Лазаров и Михаил Шкартов става четник в четата на Добри Даскалов. През лятото на 1905 година, след амнистия, се легализира и отново става учител в родното си село. Избран е за ръководител на Околийския комитет на ВМОРО в Кавадарци. По същото време в организацията се появават и обвинения за грубост и нетактичност от страна на някои членове на околийското ръководство, включително и на Попантов. Попантов е тежко ранен при сражение с четата на Иван Радналията и се лекува в Солун. След връщането си е ръководител на местния революционен комитет и на Ваташката чета.
На 28 юни 1906 година Йованче Попантов е убит заедно с приятеля си Милан Попкоцов в центъра на Ваташа от членове на турски комитет, борещ се срещу ВМОРО. Физическият убиец, мюсюлманин от село Долни Дисан, по-късно е арестуван и съден, но в крайна сметка е освободен. Каймакаминът в Кавадарци по повод на убийството казва, че не може на едно място да има двама каймаками – турски и български.
Попантов е погребан в двора на църквата във Ваташа. Смъртта му е възпята в народната песен „Църно му било пишано на Йованче Попантов“